Flawonoidy zwiększają więc w mniejszym lub większym stopniu odporność ścian włośni czek: zmniejszają ich przepuszczalność, kruchość i łamliwość oraz przywracają im elastyczność. Ponadto, rutyna i kilka innych flawonoidów, działając spa-zmołitycznie na mięśniówkę gładką większych naczyń, ułatwiają przyjęcie nadmiernych ilości krwi z uszczelnianego łożyska kapilarnego. Ze względu na swój wpływ na kapilary flawonoidy działają przeciwzapalnie, przeciwalergicznie, zwłaszcza gdy są podawane łącznie z kwasem askorbinowym. Według niektórych klinicystów należy stosować je również w schorzeniach reumatycznych. Przypuszcza się bowiem, że w przebiegu choroby gośćcowej występują niedobory rutyny.
Poza działaniem naczyniowym związki te wywierają wiele innych ważnych efektów farmakologicznych uzasadniających ich stosowanie. Poprzez obniżanie poziomu cholesterolu w osoczu flawonoidy opóźniają rozwój procesu miażdżycowego w naczyniach krwionośnych. Rutyna, podobnie jak inne flawonoidy, dodatnio wpływa na pracę mięśnia sercowego. Skurcze serca stają się wydatniejsze, a pojemność minutowa wzrasta. Flawonoidy działają szczególnie korzystnie w przypadkach uszkodzenia mięśnia sercowego w przebiegu zatrucia pewnymi substancjami chemicznymi. Stwierdzono np., że w przypadku zatrucia alkoholem metylowym rutyna i jej aglikon kwercetyna działają odtruwająco, przy czym działanie to jest ściśle związane z ich budową chemiczną. Przy zatruciu mięśnia sercowego spowodowanym nadmiernym nagromadzeniem kwasu mlekowego oraz przy hiperkaliemii rutyna i kwercetyna przywracają jego normalną pracę. Podobnie jak witamina BI flawonoidy odgrywają rolę koenzymu, biorąc udział w przemianie węglowodanowej mięśnia sercowego.

Niektóre flawonoidy wywierają korzystny wpływ w chorobie nadtiśnieniowej, zwłaszcza u osób starszych, z daleko posuniętą miażdżycą tętnic. Obserwacje kliniczne wykazały, że jest to raczej związane z regulacją przepuszczalności ścian naczyń kapilarnych w przypadku zagrażającego wylewu mózgowego, ponieważ rutyna nie wpływa bezpośrednio na obniżenie ciśnienia krwi.
Flawonoidy należące do grupy flawo-noli, np. rutyna, kwercetyna, kemferol, mirycetyna, hiperyna, oraz flawonoidy należące do grupy flawonów, takie jak lute-olina i apigenina, i niektóre flawanony -hesperydyna i naryngenina - wywierają
działanie moczopędne. Jego mechanizm jest różnorodny. Niektóre z flawonoidów, porażając mięśniówkę gładką, rozszerzają naczynia nerkowe, ułatwiając w ten sposób dopływ krwi do nerki, przy czym wpływ spazmolityczny jest wyraźnie uzależniony od struktury chemicznej flawonoidów (aglikony mają o wiele silniejsze działanie od glikozydów). Inne natomiast drażnią ścianki kanalików nerkowych lub utrudniają w nich resorpcję zwrotną.

Wyżej wymienione flawonoidy, obok działania moczopędnego, pobudzają także wydzielanie żółci oraz chronią miąższ wątroby przed szkodliwym wpływem różnych czynników. Związane jest to przeważnie z ich wpływem na włośniczki, zwłaszcza z działaniem spazmolitycznym.
Flawonoidy wykazują również wpływ zapobiegawczy i ochronny przy naświetlaniu pierwiastkami promieniotwórczymi oraz działają leczniczo w przypadkach nadmiernego nasłonecznienia skóry.
Omawiając właściwości flawonoidów należy wspomnieć o ich działaniu bakterio-statycznym. Kwercetyna wykazuje działanie bakteriostatyczne zarówno w stosunku do bakterii Gram-dodatnich, jak i Gram-ujem-nych (stężenia 0,075-0, lng/ml), a także in-aktywuje wytworzoną już botulinotoksynę. Kwercytryna - czyli ramnozyd kwercetyny -jest już o wiele mniej aktywna. Wiele flawonoidów, takich jak ramentyna, fizetyna, oraz pokrewne im antocyjany hamuje nieznacznie wzrost prątków gruźlicy. Natomiast rutyna, nawet w dużych stężeniach, nie hamuje wzrostu ani nie wpływa na tworzenie toksyn drobnoustrojów chorobotwórczych,
Głównymi wskazaniami do stosowania flawonoidów są: skazy krwotoczne pochodzenia naczyniowego, choroba nad-ciśnieniowa, zawał serca, dusznica bolesna, cukrzyca, miażdżyca, schorzenia alergiczne, takie jak katar sienny, pokrzywka, wstrząs anafilaktyczny, a także odmrożenia i pęcherzyca.
W schorzeniach ocznych rutyna wykorzystywana jest w przypadkach uszkodzeń naczyń na skutek urazów mechanicznych lub toczącego się procesu chorobowego, powodującego zwiększoną kruchość i przepuszczalność kapilarów.
 Nie należy jednak zapominać o przeciwwskazaniach do stosowania flawonoidów, głównie ze względu na niezgodności farmakologiczne z innymi lekami. Mogą one bowiem unieczynniać bakteriostatyczne działanie równocześnie podawanych sulfonamidów oraz bakteriostatyczne i bakteriobójcze działanie antybiotyków z grupy streptomycyny.